原因の多く:　肩関節の深部で、関節を支え、当たり具合の微妙な調整を
担当する筋肉（俗称、インナーマッスル）の緊張が過剰で、関節締め付
けすぎです。関節内圧が高まり、なめらかな関節液移動が妨げられ音を
発します。外側でパワーを発揮する大筋肉ばかり鍛えても故障の原因に
なります。多分練習方法、考え方などの何かが間違っています。
「足のつけね」とは股関節のことでしょうか。こちらが鳴るのは、肩に
比べて遥かに少ないものです。
痛いなら、まずは休んでください。